肥西县档案馆馆藏全宗160个，馆藏各类档案97.1万卷件。馆藏档案门类主要有文书、科技、会计、人事、声像、民生、专业、实物、名人、家谱等。其中，革命历史档案13卷，反映了1948年至1949年10月1日建国前期所形成的文件材料，真实记录了县委、县政府领导全县人民建立政权、反匪反霸、减租减息、生产救灾、支援渡江战役等重大革命活动记录。建国后档案反映了县、乡机关、企事业单位、社会团体等在政治、经济、文化、社会建设过程中形成的各类档案，记载了肥西县委、县政府领导全县人民贯彻党的路线、方针、政策，勇于改革创新，奋力争先进位，由解放初期的贫穷落后农业大县，至1978年在全国率先实行家庭承包责任制的农村改革发源地，到现在连续多年入选全国百强县，全面进行社会主义现代化建设过程中形成的丰厚的历史记录。

肥西县档案馆馆藏资料较为丰富，存放各类资料1.2万册。其中，较珍贵的有清嘉庆《合肥县志》、续修《庐州府志》、《紫蓬山志》、《巢湖志》、《康熙字典》等。